El puerto de abrigo de Progreso presenta un alto grado de contaminación debido al poco cuidado o mal manejo de aceites y combustibles por parte de dueños de embarcaciones y empresarios pesqueros y sobre todo, la falta de regulación de las medidas por parte de las autoridades del lugar.
Sumado a todos estos problemas, pescadores y usuarios del lugar han convertido el sitio en un enorme tiradero de basura. Los desperdicios se pueden ver a simple vista, ya sea flotando en el agua o por debajo de las embarcaciones.
Esta situación genera un ambiente visual sumamente desagradable y lo más importante, se atenta contra el equilibrio del ecosistema del lugar. El problema se ve agravado por la falta de medidas de las autoridades, cuya intervención se limita a factores administrativos de entradas y salidas de embarcaciones, sin preocuparse de la situación al interior del sitio.
Las condiciones de contaminación provocan daños considerables en sus muelles con estructuras que están a punto del colapso en muchos de sus sectores de maniobra.